So wie die Kaffeekirsche nach der Ernte vorliegt, ist sie weder für den Genuss geeignet, noch ist sie länger haltbar und transportfähig. Um einen marktfähigen Kaffee herzustellen, muss die gesamte Umhüllung der eigentlichen Kaffeebohne entfernt werden. Die beiden bekannten Wege, dieses Ziel zu erreichen, sind die trockene und die nasse Aufbereitung. Bei diesen Aufbereitungsverfahren werden Fruchthaut, Fruchtfleisch und -schleim, Pergamenthaut und möglichst auch Silberhäutchen und der größte Teil des Wassers in der Bohne entfernt, so dass am Schluss die saubere und trockene Kaffeebohne übrig bleibt.
Trockene Aufbereitung
Bei diesem Verfahren geht es darum, die ganzen Kaffeekirschen so lange zu trocknen, bis sich die ihnen enthaltenen Bohnen trocken und ohne Rückstände herausschälen lassen. Da diese Methode praktisch von der Natur vorgemacht wird, ist sie die wesentlich ältere. Anwenden lässt sie sich überall dort, wo das Klima trocken und warm genug ist.
In Regionen, in denen nicht genügend Wasser für die Nassmethode vorhanden ist, ist sie generell die erste Wahl. Aber auch Pflanzungstypus, maschinelle Ausstattung sowie Arbeitskosten bestimmen den Einsatz der Aufbereitungsmethode. Robusta-Kaffee wird mit wenigen Ausnahmen trocken aufbereitet. In Brasilien und Äthiopien wird allerdings auch Arabica trocken aufbereitet.
Die ausgebreitete Schicht darf nicht zu dick sein, damit die Kirschen nicht zu faulen beginnen. Ständig müssen die Früchte gewendet und bewegt werden. Vor Regen und starken Temperaturschwankungen ist das Trockengut zu schützen.
3 bis 5 Wochen dauert es, bis die Kaffeekirschen getrocknet sind und eine Restfeuchte von etwa 12% aufweisen. Eine reife, frisch gepflückte Kaffeekirsche besteht zu 50 bis 60% aus Wasser. Der richtige Trockengrad ist übrigens erreicht, wenn die in der Kirsche enthaltenen Bohnen beim Schütteln rappeln.
Eine maschinelle Schnelltrocknung ist möglich, aber sehr teuer und aufwendig. Nach der Trocknung werden die Früchte entweder bis zur Weiterverarbeitung in Säcken gelagert oder sofort geschält (siehe dazu auch Schälen, Sortieren, Sichten, Separieren).
Nasse Aufbereitung
Notwendige Voraussetzung für die nasse Aufbereitung ist das Vorhandensein von Wasser, denn bei diesem Verfahren benötigt man 130 bis 150 Liter (vorzugsweise klares Quellwasser) für 1 Kilogramm marktfertigen Rohkaffee.
Zunächst werden die frischen, reifen Kaffeekirschen entweder von Hand oder mechanisch von Verunreinigungen befreit und in Wassertanks oder Schwemmkanälen vorsortiert. Dann werden die Kaffeekirschen durch den Pulper geschickt. Mit dieser Maschine wird das Fruchtfleisch so von den Bohnen abgequetscht, dass diese unbeschädigt in ihrer allerdings noch von einer Schleimschicht umgebenen Pergamenthauthülle übrigbleiben. Gleichzeitig wird das überflüssige Fruchtfleisch von den Bohnen getrennt. Wichtig ist, dass das Gut nicht später als 24 Stunden, besser innerhalb von 12 Stunden nach der Ernte zur Nassaufbereitung gelangt.
Anschließend wird der entpulpte Kaffee im Schwemmkanal und durch Siebung weiter selektiert und gelangt dann in das Fermentationsbecken oder die Fermentationsbehälter. Dort wird der an der Pergamenthaut haftende Restschleim in einem Gärungsprozess, dem sog. Fermentationsvorgang, gelöst und abwaschbar gemacht.
Die im Kaffee vorhandenen Enzyme bewirken diese Fermentation. Sie dauert normalerweise je nach Gegebenheiten 12 bis 36 Stunden. Absolute Sauberkeit aller Anlagen und Aggregate ist notwendig, denn eine Bohne, die zu lange der Gärung ausgesetzt war, ist überfermentiert und ergibt die berüchtigte „Stinkerbohne“, die eine ganze Kaffeepartie verderben kann.
Nach der Fermentation muss der Kaffee gewaschen werden, um alle noch verbliebenen Reste von der Pergamenthaut zu entfernen. Das geschieht in den sog. Waschkanälen oder Waschtanks. Danach kommt die Trocknung.
Dabei wird der Pergamentkaffee auf ca. 12% Feuchtigkeit heruntergetrocknet. Das geschieht auf Trockenplätzen (Patios) oder Trockenhorden und dauert rund 10 bis 15 Tage. Sollte die Sonne zur Trocknung nicht ausreichen, so werden auch Trockenöfen eingesetzt, in denen erhitzte Luft das Gut trocknet.
Halbtrockene Aufbereitung
In manchen Produktionsländern wird eine Kombination aus beiden Aufbereitungsarten eingesetzt. Es ist die halbtrockene Aufbereitung (semi-washed). Hierbei wird durch einen maschinellen Prozess das Fruchtfleisch der Kirsche weitgehend abgetrennt. Es erfolgt aber keine Fermentation, sondern der Pergamentkaffee trocknet zusammen mit den an ihnen anhaftenden Fruchtfleischresten. Mitunter erfolgt auch ein Waschprozess vor der Trocknung des Pergamentkaffees.
Neuerdings werden vor allem in Brasilien und Zentralamerika spezielle Maschinen zur mechanischen Entfernung des Fruchtfleisches und der Pulpe eingesetzt. In dieser Aufbereitungsform wird sehr wenig Wasser gebraucht und sie wird daher als wassersparend und umweltschonend angesehen.