„Biologischer“ Kaffee-Anbau setzt sich das Ziel der schonenden Kultivierung zugunsten von Umwelt und Natur. Im Gegensatz zum konventionellen Anbau wird auf Dünge- und Pflanzenschutzmittel verzichtet. Stattdessen wird eine Auflockerung durch Schattenbäume (wie z. B. Eukalyptus mit einer Höhe von 20 m) und andere Nutzpflanzen wie Bananen, Ananas oder Papayas erreicht.
Zwar steigt mit dieser Anbauart der Platzbedarf und es erfordert Zeit und somit Kosten, die an Dünge- und Pflanzenschutzmittel gewohnten Kaffeesträucher wieder zu entwöhnen, doch im Endeffekt kann sich diese Methode für den Kaffeebauern rentieren, da der Ertrag pro Hektar steigt und höhere Preise für Biokaffee auf dem Weltmarkt erzielt werden können. Allerdings ist die Nachfrage für Biokaffee noch begrenzt.
Die Fachleute sind sich einig, dass gesundheitlich bedenkliche Rückstände beim Kaffee keine Rolle spielen, denn der Charakter der Kaffeefrucht und die Herstellung des Endproduktes schützen vor möglicher Schädigung. Allerdings entfaltet der biologische Kaffee-Anbau seine Wirkung vor Ort. Dort kann er zur Erhaltung einer gesunden Umwelt und der natürlichen Ressourcen beitragen.
Am weitesten verbreitet ist das europäische, grüne Biosiegel. Es garantiert, dass 95 Prozent des Kaffees Bio ist und Farmen nach der EG-Öko-Verordnung bewirtschaftet werden. So sind unter anderem synthetische Spritzmittel sowie Gentechnik tabu.
Die Rechtsvorschriften sind in der gesamten EU gültig und sichern den Konsumenten einheitliche Standards für den ökologischen Landbau zu. Das Siegel berücksichtig keine Kriterien zur sozialen und wirtschaftlichen Nachhaltigkeit.